Yeni astronominin verilerinden söz ederken hiçbir ilmî gelişmenin Allah’ın evreni yaratıp yönettiği gerçeğine aykırı olamayacağını belirten İbrâhim Hakkı, bütün gelişmelerin bu inanç çerçevesinde yorumlanması gerektiğini sık sık vurgular. Ona göre din bakımından önemli olan, âlemin Allah tarafından yaratıldığının kabul edilmiş olmasıdır; bunun ötesinde yaratılışın ve oluşun keyfiyetine dair ortaya konan teorileri ve ilmî tesbitleri benimsemenin bir sakıncası yoktur. Mârifetnâme’de (s. 266) Ebû Hanîfe’den “sermezhebimiz” diye söz eden İbrâhim Hakkı’nın Nakşî veya Kādirî olduğu söylenmektedir. Bursalı Mehmed Tâhir’e göre ise Üveysî’dir.Mesih İbrahimhakkıoğlu dedesinin Nakşî olmadığını savunursa da (Erzurumlu İbrahim Hakkı, s. 191-192) Mârifetnâme’de başka hiçbir tarikata yer vermezken “velîlerin en seçkinlerinin tercih ettiği tarikat” olarak nitelediği Nakşibendiyye’ye geniş yer ayırması (s. 443-450) bu tarikata mensup olduğu kanaatini güçlendirmektedir.İbrâhim Hakkı’nın tasavvufi görüşleri Osmanlı tasavvufunun tipik ve canlı bir örneğidir. Mârifetnâme’de mârifet, fenâ, bekā, muhabbet ve aşk, velâyet, keramet, tevekkül, tefvîz ve teslim, sabır, şükür, rızâ, seyrüsülûk, sâlik, mürşid, nefis ve nefis mertebeleri gibi tasavvufun hemen bütün konularına yer vermiştir. Dünyanın anlamı, makbul olan ve olmayan dünya (a.g.e., s. 272 vd.), kalbin mânası, mahiyeti, mârifetullahla ilgisi gibi konulara ilişkin görüş ve açıklamaları önemli ölçüde Gazzâlî’nin İḥyâʾü ʿulûmi’d-dîn’indeki fikirleriyle paralellik arzeder. İbrâhim Hakkı, fizik âlemin kavranmasında akıl ve duyu tecrübelerinin önemini kabul etmekle birlikte dinî ve tasavvufî konularda aşkı felsefeden üstün tutar; hatta, “Katında fülse değmez felsefînin aklı vicdanı” mısraında görüldüğü gibi (Divan, s. 174) genel telakkiye uyarak felsefe ve filozof kavramlarından olumsuz bir tavırla söz ettiği de olur. Bu sebeple diğer mutasavvıflar gibi İbrâhim Hakkı da ilham yoluyla elde edilmiş bilgiyi kitâbî bilgiden üstün tutar (Mârifetnâme, s. 388). Bu arada, vahdet-i vücûdun bir bilgi konusu sanılmasının ilhâd ve zındıklığa kadar varan tehlikeler içerdiği uyarısında bulunur. Çünkü vahdet-i vücûd bilgi konusu değil şühûd konusudur; şühûd ise mücahede ile varılabilen bir haldir. İbrâhim Hakkı, evliyâ-yı kirâmın yazdığı bütün kitapların şeriatla uyuştuğunu, özellikle Muhyiddin İbnü’l-Arabî’nin kitaplarının “usul ve fürûa mutâbık” olduğunu, fakat okuyucunun anlama kabiliyetinin yetersizliği yüzünden bu konuda avam arasında şüphe doğduğunu belirtme ihtiyacı duyar .Klasik felsefe ve tasavvuf düşüncesindeki, insanı küçük âlem kabul eden anlayışa İbrâhim Hakkı da büyük önem verir. Bütün mutasavvıflar gibi onun için de hayatın en yüksek gayesi mârifet, mârifetin en yüce derecesi mârifetullahtır. Mârifetullahın anahtarı kendini bilmek, kendini bilmenin anahtarı da âlemi bilmektir. Allah bütün âlemi insanın buyruğuna vermiş, insanın bedenini de ruhuna itaat ettirmiştir ki insan kendi bedenine, organlarının oluşumuna, güçlerinin tertibine bakarak aşağı ve yukarı âlemde bunun benzerlerini bulup aynı düzenin orada da sürdüğünü görsün; özellikle kendi ruhunun bedenini yönetmesi gibi Allah’ın da evren üzerinde tasarrufta bulunup onu yönettiğini anlasın, buradan hareketle Allah’ın fiillerine ve sıfatlarına vâkıf olarak sevgisini ve kulluğunu O’na yöneltsin ve böylece irfan ehline katılsın.İbrâhim Hakkı bu gayelere ulaşmak için sahih bir itikad ve düzenli ibadete ihtiyaç bulunduğunu önemle belirtmiştir. Ona göre ebedî kurtuluşu kazanmanın tek şartı Kitap ve Sünnet’le amel etmektir. Allah dostlarının hallerine ve kemallerine ulaşmanın yolu onların yolunu izlemekten geçer. Her türlü ferdî ve içtimaî problemi aşmanın Kur’an’a uymakla mümkün olduğuna işaret eden ve bununla ilgili âyet ve hadisleri sıralayan İbrâhim Hakkı aynı şekilde Hz. Peygamber’e uyup onun yolundan gitmenin gerekliliğine dair âyet ve hadisleri kaydettikten sonra, “Hudâ rabbim nebim hakkā Muhammed’dir resûlullah / Hem İslâm dînidir dînim kitâbımdır kelâmullah” beytiyle başlayan 116 beyitlik manzumesinde Ehl-i sünnet akaidini özetlemiştir. Mârifetnâme’de büyük ölçüde Gazzâlî’nin İḥyâʾü ʿulûmi’d-dîn’inden istifade ile yazıldığı anlaşılan, ayrıca Gazzâlî’den sonraki dönemlerde ortaya çıkmış gayri Sünnî tasavvuf akımlarına da yer veren bir bölümde ,tasavvuf ehlini on iki fırkaya ayırarak sadece birinin kurtuluş fırkası kabul edildiğini, bunların da, “Kur’ân-ı Kerîm ve hadîs-i şerif dinimize ve dünyamıza kâfidir ve şeriat bize vâfidir” diyen fırka olduğunu ifade etmektedir.İbrâhim Hakkı irfanın dört aslı kabul ettiği tevekkül, tefvîz ve teslim, sabır, rızâ konularına büyük önem vermiştir. Özellikle “Tefvîznâme” adını verdiği, “Hak şerleri hayr eyler / Zannetme ki gayr eyler / Ârif anı seyr eyler / Mevlâ görelim neyler / Neylerse güzel eyler” mısralarıyla başlayan manzumesi çok meşhurdur.İbrâhim Hakkı, Allah’ın varlığını ispat için imkân delilini esas almış, bu çerçevede âyetlerden de faydalanarak bazı kozmolojik deliller sıraladıktan sonra âlemin hâdis olduğuna selim aklın kesin bir burhanla şehâdette bulunduğunu, irfan ehlinin, o yüce yaratıcının icat ve yaratma sırlarını zâhir ve bâtın âleminde güneşli günden daha aydın ve açık olarak müşahede ettiğini söylemiştir.Aynı yerde hukemâya nisbetle de olsa, “Mümkün değildir ki bir mevcut ma‘dum ola; belki mevcut hemîşe mevcut ve ma‘dum hemîşe ma‘dumdur” diyen İbrâhim Hakkı mevcudun ancak bir mertebeden bir mertebeye, bir halden bir hale intikal edip değişime uğrayabileceğini ifade etmiş, ardından avâmın bu değişimi seyrederken ma‘dumun mevcut veya mevcudun ma‘dum olduğunu zannettiği görüşünü ileri sürmüştür. Bu açıklama Lavoisier’nin, “Var olan yok olmaz, yok olan da var olmaz” şeklindeki sakınım yasasından başka bir şey değildir.Cevher, araz, hal, mahal, madde, sûret, mevzû, cism-i tabîî, nefs-i insâniyye, nefs-i felekiyye gibi felsefî terimleri Meşşâî gelenek çerçevesinde açıklayan İbrâhim Hakkı’nın, tedbir ve tasarrufu ile cisimlere etkide bulunmayan akıl (kozmolojik akıl) için “lisân-ı ehl-i şer‘ ile melektir” demesi de Fârâbî’den beri gelen felsefî anlayışın bir devamıdır. Yine Fârâbî’nin başlattığı sudûr teorisini de ehl-i hikmete nisbet ederek anlaşılır bir üslûpla tanıtmaktadır. Şu farkla ki, “Vâhidden vâhid sudûr edegelmiştir” demekle birlikte belki bir ihtiyat tedbiri olarak varlığın doğuş (zuhûr) düzeninde küllî aklın (akl-ı evvel) Allah tarafından icat ve mevcut edildiğini söylemiş, ancak burada bir yoktan yaratmadan söz etmemiştir. İbrâhim Hakkı, zuhûrun sonundaki onuncu aklın akl-ı fa‘‘âl yanında akl-ı feyyâz, vâhibü’s-suver ve tabîat-ı mutlaka diye adlandırıldığını ifade eder. Mârifetnâme’nin, geleneksel astronomi hakkında bilgi verdiği bölümünde ise, “Allah kendi nurundan bir latif ve azîm cevher var edip ondan bütün kâinatı vücuda getirdiğini tedrîc ve tertip ile izhar etmiştir ve ona cevher-i evvel ve nûr-ı Muhammedî ve levh-i mahfûz ve akl-ı kül ve akl-ı izâfî tesmiye olunur” demektedir. İnsana ait akıl nefse has bir gelişme sürecinin son noktasıdır. Nefis mürekkep cisme büyüme, duyu ve hareket yanında düşünme kabiliyeti de kazandıran düzeye ulaşırsa bu nefse sahip olan varlık insan adını alır. İnsan varlığın özü, her mevcudun özeti, cihan ağacının meyvesi, devranın son noktasıdır.Buradaki “devran”dan maksat, İslâm dünyasında Câbir b. Hayyân’dan beri daha çok tasavvufta ve tasavvuf etkisindeki felsefede ilgi toplayan yükseliş ve iniş sürecidir. İbrâhim Hakkı, “Hak Teâlâ’nın tesiriyle” dört unsurdan madene, madenden bitkiye, bitkiden hayvana, hayvandan insana uzanan gelişim (istihâle) sürecini özetlerken insanı bu sürecin gaye noktasına yerleştirmektedir. Bu teoride her bir varlık basamağından diğerine geçilirken birer ara varlık da gösterilmekte olup hayvanla insan arasındaki varlığın maymun olduğu belirtilir. “Zira kılları ve kuyruğu dışında cümle âzası ... insana benzer” .İhvân-ı Safâ, İbn Miskeveyh gibi ilk İslâm düşünürlerinden başlayıp Kınalızâde Ali Efendi, Muhyî-yi Gülşenî gibi Osmanlı âlimlerine kadar gelen bu teorinin, İbrâhim Hakkı’dan yarım asır kadar sonra Lamarck ve Darwin tarafından ortaya atılan evrim teorisiyle aynı olup olmadığı tartışılmaktadır. İbrâhim Hakkı’da en güzel ifadesini bulan İslâm dünyasındaki evrim anlayışı, Darwinizm’in aksine yalnızca biyolojik bir evrim değil madde ve ruh bütünlüğü içinde bütün ontik gerçekliği kapsayan bir gelişmedir; ayrıca burada gelişim Darwinizm’deki doğal seleksiyon yerine ilâhî iradeye bağlanmıştır.İbrâhim Hakkı Mârifetnâme’de tabiat bilimlerine çok geniş yer vermiştir. Fitneye sebep olmamak düşüncesiyle yeni astronomiye ve diğer ilimlere dair bilgi verilmeden önce eski astronomiye uygun geleneksel yaratılış senaryosunu tanıtma gereği duyulmuştur. Onun yeni astronomideki kaynağı, İstanbul ziyaretleri sırasında tanıma ve inceleme fırsatı bulduğu Kâtib Çelebi’ye ait Cihannümâ adlı eserdir. Fakat mutaassıp ulemâdan tepki görme endişesi taşıdığı için yeni astronomi konularına ve bu arada yerin yuvarlaklığını kanıtlamaya girişirken bu görüşün şeriata aykırı olabileceği tereddüdünü ortadan kaldırmak amacıyla Gazzâlî’nin Osmanlı ulemâsı nezdindeki saygınlığından yararlanma yoluna gitmiştir. İbrâhim Hakkı, bu hususta oldukça tedbirli davranarak Tehâfütü’l-felâsife’nin giriş kısmındaki konuyla ilgili bir pasajı aynen Türkçe’ye çevirdiğini ifade eder. Gazzâlî burada, ay ve güneş tutulması olaylarını örnek gösterip bunların astronomi bilimine göre nasıl vuku bulduğunu açıkladıktan sonra bu gibi ilmî konularda filozoflarla tartışmaya kalkışmanın dinî bir zaruret olmadığını, ilmî sonuçlarla çatışır gibi görünen hadisler bulunduğu takdirde kesin sonuçlara karşı direnmektense bu hadislerin te’vilinin “ehven” olduğunu ifade eder. İbrâhim Hakkı’nın, belki de buradan aldığı cesaretle arzın yapısını ve tabakalarını ilmî yöntemlere göre anlatırken, İbn Abbas’tan nakledilen öküz ve balık kıssasının sahih olduğu tesbit edildiği takdirde bunun öküz burcu ve balık burcu olarak yorumlanması gerektiğini belirttikten sonra Hz. Peygamber’in, “Siz dünya işlerini benden daha iyi bilirsiniz” hadisini hatırlatarak umûr-i dîniyyeden olmayan şeylerin din âlimlerinden sorulmaması gerektiğini söylemek suretiyle (a.g.e., s. 118) dinî ilimlerle pozitif bilimlerin metotlarının ayrı olduğuna dikkat çekmesi oldukça önemlidir.